Заиление водоёмов происходит по разным причинам, среди которых:

• Эрозия почвы. 1 В сельской местности она возникает из-за интенсивных или неадекватных методов ведения сельского хозяйства. 1 В городских районах — из-за строительной деятельности, когда во время ливней из расчищенной земли вымываются мелкие частицы. 1
• Дноуглубительные работы. 1 Разлив наносов происходит при транспортировке материала на баржах и его осаждении в воде или вблизи неё. 1
• Сточные воды. 1 Если они сбрасываются в водоёмы из домашних хозяйств или коммерческих предприятий без септиков или очистных сооружений. 1
• Разрушение берегов. 5 Для водохранилищ на начальном этапе их существования этот процесс наиболее значим (обеспечивает более половины всего объёма наносов). 5
• Осаждение химических соединений. 3
• Биомасса водной растительности. 3
• Вымывание торфа из-под плавающих болот, которые условно находятся за границей водохранилища. 3

Для борьбы с заилением рекомендуют следующие мероприятия: 3

• строить водохранилища не в основном русле, а в боковых балках; 23
• отводить паводок через боковой канал; 23
• устраивать в начале водохранилища поперечные донные галереи; 23
• устраивать в плотине донные водоспуски; 23
• устраивать пруды в реках выше по течению; 23
• создавать объёмы для сбора наносов; 3
• обеспечивать рациональный водный режим; 3
• применять агротехнику водосбора. 3

Также эффективным способом борьбы с заилением считается промывка наносов расходом воды, сбрасываемым из водохранилища. 3

Для каждого конкретного водохранилища способы борьбы с заилением выбираются исходя из местных условий и на основании технико-экономического обоснования. 3