Процесс эвтрофикации в озёрах происходит по нескольким причинам:

• Смывание с полей удобрений. 2 Доля вынесенных в водоём из сельскохозяйственных угодий питательных веществ зависит от геологических условий региона, возделываемой культуры, типа почвы, системы агротехнических приёмов и в первую очередь количества и вида внесённых удобрений. 1
• Поступление биогенных и органических веществ из животноводческих комплексов. 1
• Обогащение водоёмов за счёт поверхностного стока атмосферных осадков и внутрипочвенного стока. 1
• Поверхностный сток городских территорий. 1 Он несёт с собой пыль, листья, мусор, нефтепродукты, химикаты. 1
• Сточные воды (канализация, промышленные предприятия). 1 Даже в водах, прошедших биологическую очистку, заключается такое количество нитратов и фосфатов, которое вполне достаточно для роста и развития многих водорослей. 1

Также эвтрофикация может происходить естественным образом за счёт постепенного накопления отложений и питательных веществ. 3