Изменение водного режима Сырдарьи происходит под влиянием антропогенных факторов. 1 Некоторые из них:

• Переход Токтогульского гидроузла с водохранилищем многолетнего регулирования с ирригационного на энергетический режим эксплуатации. 1 Летом в водохранилище накапливают воду, чтобы зимой, при наибольшей потребности в электроэнергии, сбрасывать её в количествах, не характерных для холодного времени года. 2 Такой режим работы вызывает дефицит воды для орошения в соседних государствах летом и приводит к зимним наводнениям при ледоставах на Сырдарье. 2
• Строительство обширных сетей ирригационных и коллекторных каналов. 3 Они влияют на режим стока по реке не только в поливной сезон, но и в течение всего осенне-зимнего периода. 3
• Чрезмерная эксплуатация водных ресурсов в сельскохозяйственных целях. 4 С 1960-х годов наблюдается значительное сокращение стока реки Сырдарья в Аральское море, что ведёт к снижению уровня воды в нём. 4
• Рост промышленного и сельскохозяйственного производства в соседних государствах. 4 Это увеличивает объём коллекторно-дренажных и сточных вод, поступающих в трансграничные водоёмы, что приводит к загрязнению рек. 4