Прибайкальский черношапочный сурок считается важным элементом экосистемы Иркутской области по нескольким причинам:

• Формирование и изменение местных ландшафтов. 1 При строительстве нор сурки обогащают почву кислородом из воздуха. 1
• Участие в пищевой цепочке. 1 Остатки пищи и гнёзд сурков служат удобрением для почвы. 1
• Распространение семян и опыление растений. 4 Передвигаясь по территории, сурки случайно перемещают семена растений, которые затем прорастают и способствуют распространению растительности. 4
• Источник пищи для хищных животных. 4 Сурки служат пропитанием для многих видов хищников, таких как волки, койоты и орлы. 4

Кроме того, если сурки исчезнут, это нанесёт ущерб всей экосистеме, так как в природе всё взаимосвязано. 1 Также потеряется уникальная генетическая информация об этом виде. 1

Прибайкальский черношапочный сурок внесён в Красную книгу России. 25