При создании водохранилищ часто происходит затопление больших территорий по нескольким причинам:

• Изменение гидрологического режима рек. 1 Это влияет на ландшафт речных долин и другие природные процессы. 1
• Недостаточная подготовка ложа под затопление. 1 Например, лесоочистка и лесосводка проводятся не в полном объёме. 1
• Строительство плотины на равнинных реках. 3 В таком случае происходит большое затопление пойменных земель. 3

Чтобы минимизировать отрицательные последствия строительства водохранилища, необходимо тщательно изучать природные условия территории и проводить комплексные мероприятия по оценке особенностей и почв затопляемых земель ещё на стадии проекта. 1

Также крупные водохранилища стараются строить на руслах горных рек, где экологический ущерб минимальный. 3