По мнению некоторых авторов, популяция муксуна в Обской губе сократилась из-за негативного влияния деятельности газодобывающей промышленности на экосистему. 4

Некоторые факторы, которые повлияли на сокращение численности муксуна:

• Уничтожение нерестилищ. 13 Например, при углублении русла для прохода судов уничтожались перекаты, а это — нерестилища муксуна и осетра. 3
• Попадание в воду продуктов газопереработки. 4 В частности, метанола, который рыба не переносит. 4
• Нарушение миграций рыб. 3 Строительство магистральных трубопроводов и трубопроводов, соединяющих буровые платформы с берегом, могло привести к таким нарушениям. 3

Однако есть и другое мнение. 2 По словам профессора Владимира Богданова, положительное влияние газопроводов, проложенных через реки, на полупроходных рыб не обнаружено, скорее оно носит нейтральный характер. 2

Кроме того, на сокращение численности муксуна повлияли и другие факторы, например, строительство плотин на Иртыше и Оби, браконьерство. 5