Популяция ладожской кольчатой нерпы считается уязвимой по нескольким причинам:

• Изменение климата. 14 Потепление приводит к тому, что площадь ледового покрова на Ладожском озере уменьшается, а образовавшиеся ледовые поля рано тают. 4 В результате снижается успех размножения тюленей, и всё чаще отмечаются случаи обнаружения тюленят, потерявших матерей и обречённых на гибель. 4
• Загрязнение воды. 4 Загрязнение воды промышленными отходами привело к ослаблению иммунитета и резкому возрастанию заболеваемости животных. 4
• Использование снегоходов и судов на воздушной подушке, интенсивное судоходство, развитие водного туризма. 4 Эти факторы увеличили уровень фактора беспокойства на местах щенения и отдыха тюленей. 4
• Гибель в орудиях рыбного лова. 13 Несмотря на запрет промысла нерпы, до 10% особей ежегодно гибнут в орудиях лова рыбы. 2
• Историческая причина. 2 В 1950-е годы нерпу активно промышляли на кожу, сало и мясо. 2 В некоторые сезоны отстреливали более 1500 животных. 2

Ладожская нерпа внесена в две Красные книги — республиканскую и российскую, а также как «уязвимый подвид с узким ареалом» входит в список редких представителей фауны Всемирного Союза Охраны Природы. 5