Новый Водный кодекс Российской Федерации был принят в 2006 году по нескольким причинам: 4

• Необходимость устранения недостатков Водного кодекса 1995 года. 1 Некоторые его нормы регулировали вопросы, которые входили в сферу регулирования других федеральных законов, недостаточно чётко определяли полномочия органов власти и дублировали другие статьи кодекса. 1
• Необходимость приведения кодекса в соответствие с законодательством в сфере федеративных отношений и местного самоуправления, а также финансовым законодательством. 1
• Неэффективность и недостаточность мероприятий по восстановлению и охране водных объектов, которые осуществлялись субъектами Федерации. 1
• Желание реализовать основные принципы «Рамочной директивы по воде» ЕС (2000) с учётом российской специфики. 1

Некоторые нововведения нового кодекса: переход от административных к гражданско-правовым отношениям в вопросах водопользования, передача значительных полномочий по управлению водными ресурсами субъектам РФ, постепенная замена водного налога платежами за пользование водными объектами, введение института частной собственности на пруды и обводнённые карьеры. 2