Полуостров Большой Утриш считается уникальным природным местом на Черноморском побережье благодаря своей уникальной экосистеме. 15

На территории заповедника находится единственный сохранившийся в Северном Причерноморье восточно-средиземноморский биом — можжевелово-фисташковый лес, в котором произрастают более сотни видов деревьев и кустарников. 1 Половина из них занесена в Красную книгу России. 1

Климат на полуострове более мягкий, чем в самой Анапе, благодаря густым реликтовым лесам, озёрам, ручьям и горным рекам. 3

Фауна и флора заповедника также разнообразны: в пляжной зоне можно встретить средиземноморскую черепаху, а на отвесных кручах каньона в изобилии гнездятся хищные птицы. 1

Кроме того, в водах заповедника обитают более двухсот видов различных водорослей, которые привлекают разнообразную черноморскую рыбу (скумбрию, ставриду, хамсу), а те в свою очередь становятся лакомством для дельфинов афалин. 1