Плещеево озеро считали чистым и называли «подмосковным Байкалом» из-за большой глубины, чистоты и прозрачности его вод. 3

Водоём входит в состав национального парка — особо охраняемой природной территории, что способствует сохранению чистоты. 14 Кроме того, город Переславль-Залесский берёт воду из озера для своих нужд, но не сбрасывает её обратно с очистных сооружений. 4

Однако в последние годы качество воды в озере ухудшилось. 4 Одна из причин — активная застройка водосборных бассейнов притоков озера, в том числе реки Трубеж. 14 Это приводит к обогащению водоёма питательными веществами, разрастанию водорослей, снижению содержания кислорода в воде и разрушению экосистемы. 4