Плещеево озеро считается одним из самых чистых в Золотом кольце России благодаря наличию подземных источников. 12 Они поддерживают в нижних слоях озера постоянную температуру и придают воде прозрачную чистоту. 1

Кроме того, для сохранения уникального водоёма при нормальной работе системы водоотведения стоки с городских очистных сооружений в озеро не попадают. 3 Они направляются в вытекающую из него реку Вексу, из неё — в небольшое озеро Сомино, а дальше — в реку Нерль Волжскую, приток Волги. 3

Однако в последние годы качество воды в озере ухудшилось, что связано с активной застройкой водосборных бассейнов притоков, в частности реки Трубеж. 3 Поступающие с прилегающей к озёрной территории загрязняющие вещества ускоряют эвтрофирование водоёма, то есть обогащение его питательными веществами, что ведёт к разрастанию и «цветению» водорослей, снижению содержания в воде кислорода, появлению в ней токсичных веществ. 3