Плато Лагонаки считается особо охраняемой территорией по нескольким причинам:

• Высокое видовое разнообразие и эндемизм флоры и фауны. 3 Флора включает 807 видов, что составляет 84% высокогорной флоры всего Кавказского заповедника. 3 99 видов сосудистых растений, произрастающих на Лагонакском нагорье, занесены в Красные книги Республики Адыгея и Краснодарского края, 28 из них входят в Красную книгу России. 3 Для значительного числа этих видов Лагонакское нагорье — одно из немногих или единственное местообитание. 3
• Наличие редких и охраняемых видов животных. 2 Здесь зафиксировано рекордное для Кавказского заповедника число редких видов животных, растений и грибов, включенных в российские Красные книги федерального и регионального значения — 196. 4
• Формирование запасов питьевой воды. 4 На плато формируются запасы питьевой воды для Майкопского и Апшеронского районов. 4
• Вхождение в объект Всемирного природного наследия ЮНЕСКО «Западный Кавказ». 34 Кавказский заповедник, включая Лагонаки, входит в границы этого объекта с 1999 года. 45