Пион тонколистный оказался на грани исчезновения по нескольким причинам:

• Сокращение ареала обитания. 15 Дикорастущее растение встречается в основном на степных территориях, но площадь степей с каждым годом уменьшается из-за распахивания земель. 5
• Использование корней в народной медицине. 15 В них содержится много полезных веществ, и корни повсеместно выкапывают, чтобы приготовить лечебные снадобья. 5
• Вандализм. 3 Редкие цветы срывают для букетов и выкапывают, чтобы посадить на своём участке, не учитывая запреты и необходимые для произрастания и размножения тонколистных пионов условия. 3

Из-за этих факторов популяция пиона тонколистного сокращается, и растение занесено в Красную книгу как исчезающий вид. 13