Озеро Верхнее менее загрязнено, чем другие Великие озёра, по нескольким причинам:

• Структура водосборного бассейна. 2 На территории вокруг озера Верхнего расположено небольшое число промышленных предприятий, а интенсивное сельское хозяйство практически не ведётся. 2 Почти 90% площади водосбора занимают леса, 4,4% приходятся на сельскохозяйственные угодья и только 2,6% занято урбанизированными территориями. 2
• Размер озера. 4 Огромные размеры Верхнего озера помогают разбавлять любые загрязняющие вещества, попадающие в воду. 4
• Замедленность водообмена. 3 В озере Верхнем самый продолжительный водообмен, что также способствует снижению уровня загрязнения. 3
• Низкая плотность заселения территории водосбора. 3 Плотность населения в районе озера Верхнего составляет 4,5 чел./км², что ниже, чем в других озёрах системы. 3

Однако стоит учитывать, что большая часть загрязнения озера Верхнее происходит через атмосферу. 1 Кроме того, на качество воды в озере влияют последствия изменения климата, например, усиление штормовой активности и повышение температуры воды. 4