Озеро Ньяса является одним из самых биологически разнообразных водоёмов мира, потому что имеет самую разнообразную экосистему среди пресноводных водоёмов мира. 12

По разным оценкам, в нём живёт от 500 до 1000 видов рыб. 1 В озере насчитывается более 500 видов рыб из 10 семейств, в том числе свыше 400 видов цихлид, при этом почти все виды являются эндемиками Ньясы. 1

Кроме рыб, для озёрной экосистемы характерно большое количество крокодилов, а также африканских орланов-крикунов, которые охотятся на рыбу. 1

Длительный срок обновления воды (по оценкам, вся вода в озере обновляется в течение 114 лет) и повышенная минерализация озёрной воды (вода в озере жёсткая и солоноватая) также способствуют высокому биологическому разнообразию. 2