Озеро Ньяса считается важным природным заповедником по нескольким причинам:

• Разнообразная экосистема. 3 Из всех пресных водоёмов мира озеро Ньяса имеет самую разнообразную экосистему. 3 В нём обитает от 500 до 1000 видов рыб, в том числе много эндемичных. 3 Особенно славится озеро количеством рыб семейства цихловых — здесь обитает около 400 их видов, или 30% известных представителей данного семейства. 1
• Наличие большого числа крокодилов и африканских орланов-кликунов. 3
• Место обитания для некоторых животных, например бабуинов. 1

В 1984 году национальный парк озера Ньяса был внесён в список Всемирного наследия ЮНЕСКО, став первым пресноводным озером, включённым в этот список. 12