Несколько причин, по которым озеро Неро, на котором стоит Ростов Великий, мелеет и представляет экологическую проблему:

• Возраст водоёма. 5 Известно, что каждый водоём такого рода проходит через четыре основных этапа. 5 Сначала озеро чистое и прозрачное, в нём много кислорода, но мало жизни. 5 Затем в воде развивается жизнь, которая порождает множество органических остатков. 5 После этого в водоёме возникают и бурно разрастаются водоросли — самые активные потребители кислорода. 5 На финальном этапе водоросли становятся полными хозяевами водоёма, вытесняя из него все прочие живые организмы. 5
• Толстый слой ила. 5 Дно Неро покрыто толстым слоем ила — сапропеля, который и является причиной того, что озеро такое мелкое. 5 В иных местах толщина донных отложений достигает, по оценкам гидрологов, 40 метров. 5
• Использование озера как свалки. 5 С конца XIX века окрестные деревни и сам Ростов использовали Неро как свалку. 5
• Сбросы сточных вод. 27 По словам жителей Ростова Великого, в озеро попадают канализационные стоки, минуя очистные сооружения. 2 В 2024 году Министерство природопользования Ярославской области сообщало, что проводились обследования территории по фактам сброса канализационных стоков в охранной зоне памятника природы «Озеро Неро». 7