Озеро Маныч-Гудило признано водно-болотным угодьем международного значения из-за его роли как важного центра гнездования и миграции многих видов птиц. 3 Здесь одна из самых масштабных европейских зимовок редких водоплавающих пернатых, в том числе занесённых в Красную книгу России. 13

Также большую роль играет расположение озера на одной из важнейших в Евразии миграционных трасс птиц, соединяющей центральные и северные регионы страны с Каспийским, Азово-Чёрноморским и Средиземноморским бассейнами, Африкой. 3

Таким образом, озеро Маныч-Гудило внесено в перечень объектов международной Рамсарской конвенции об охране водно-болотных угодий, а островной участок заповедника признан ключевой орнитологической территорией международного значения. 13