Озеро Кьога важно для системы Великих Африканских озёр, поскольку служит местом, где Белый Нил, один из притоков Нила, проходит по пути из озера Виктория в озеро Альберт. 12
После пересечения комплекса озёр Кьога река получает название Кьога-Нил, а уже после выхода из озера Альберт — Альберт-Нил, прежде чем выйти за пределы Уганды и превратиться в Белый Нил. 4
При этом, хотя Кьога и является частью системы Великих Африканских озёр, оно не считается Великим озером. 12