Озеро Иссык-Куль отличается холодной температурой воды по сравнению с другими горными озёрами из-за особенностей его питания. 1 Вода в озере питается горными реками, в том числе тающими ледниками, что делает её холодной даже в сезон, даже в жару. 1

Также на температурный режим влияют большая глубина озера, сравнительно простая форма озёрной чаши и климатические особенности района. 2 Например, при сильных и продолжительных западных ветрах в центральной части озера происходит апвеллинг — выход на поверхность холодных глубинных вод, что может снижать температуру поверхности воды в летний период на 6–8 °С. 2

При этом зимой из-за обилия минеральных солей озеро не замерзает. 34