Озеро Чаны считается самым крупным солёным водоёмом Западной Сибири из-за ограниченного поступления пресной воды. 1 При этом водоём питается в основном за счёт талого снега. 2

В результате в озере постепенно накапливаются минералы и почвы, смываемые с берегов. 1 Пресная вода испаряется, а в озере остаётся богатый минералами соляной раствор. 1 При этом степень минерализации различается в разных частях водоёма: Малые Чаны практически пресные, Большие — солоноватые, а Яркуль — самый солёный. 2

Также в юго-восточной части озера, где впадают реки Каргат и Чулым, вода пресная. 35

Таким образом, солёность озера Чаны зависит от его части: в одних частях вода пресная, в других — солоноватая, а в самых удалённых от протоков, пополняющих озеро пресными водами, — солёная. 5