Озеро Балхаш называют древнейшим водоёмом планеты, потому что образование его котловины началось ещё 3 млн лет назад. 4

Формирование озера проходило в несколько этапов, каждый из которых стал результатом различных геологических и климатических изменений. 1 Например, в ранний палеозойский период формировались горные системы Центральной Азии, что создало условия для появления первичных водоёмов. 1

Кроме того, в древности Балхаш был частью большей экосистемы, в которую входили другие водоёмы, например Арал и Каспийское море. 1 В раннее плейстоценовое время, когда климат был более влажным, Балхаш соединялся с этими водоёмами. 1

Примерно 30–35 тысяч лет назад древнее Ханхайское море полностью исчезло с поверхности земли, оставив после себя несколько озёр, в том числе Балхаш. 23