Озеро Алаколь считают важным местом гнездования редких видов птиц по нескольким причинам:
- Разнообразие видов. 23 В основной и буферной зонах встречается более 260 видов птиц, из которых 133 вида здесь гнездятся. 3 Среди них есть редкие, исчезающие виды, внесённые в Красные книги МСОП и РК. 3
- Важность миграционных маршрутов. 2 Алаколь является важной развилкой миграционных маршрутов многих птиц из Центральной Азии. 2 Сюда находят пристанище сотни тысяч птиц, которые летят с индийских и африканских зимовок. 2
- Наличие островов. 15 Острова озера Алаколь являются уникальным местом гнездования колониальных птиц. 15 Особую важность они приобретают в годы высокого уровня воды, когда все чайковые птицы с затопленных мелких островов вдоль побережья перемещаются сюда. 15
Среди основных видов, образующих колонии на островах Алаколя, — хохотунья, черноголовый хохотун, большой баклан, реликтовая чайка, чеграва, чайконосая крачка и другие. 15