Озеро Маракайбо считается важным регионом для биоразнообразия Венесуэльского побережья по нескольким причинам:

• Насыщенность вод кислородом. 12 Это способствует буйному росту водорослей, которые, в свою очередь, служат пищей для рыб и других биологических видов. 1
• Разнообразие фауны. 12 В озере обитают моллюски, голубые крабы, креветки и другие водные виды. 2 Здесь встречаются два находящихся под угрозой исчезновения водных млекопитающих — вест-индийский ламантин и дельфин реки Амазонки. 2
• Наличие эндемичных видов. 12 В озере обитает около 145 видов рыб, в том числе многие эндемичные виды. 2
• Наличие редких видов птиц. 3 Среди обитателей озера — орлы, ибисы, цапли. 3
• Мангровые леса вдоль побережья. 3 На площади в 260 км² сохранены девственные джунгли с богатой фауной, на побережье в мангровых зарослях обитают розовые фламинго. 4