Остров Калимантан имеет большое значение для региональной экологии по нескольким причинам:

• Биоразнообразие. 12 Калимантан — один из мировых центров биоразнообразия, где встречается множество видов растений и животных. 1 Почти вся территория острова занята густыми экваториальными лесами, которые относятся к самым старым в мире. 2
• Место обитания эндемиков. 2 Лес Калимантана — одно из немногих оставшихся естественных мест обитания для многих эндемиков, в том числе для калимантанского орангутана, азиатского слона, суматранского носорога, калимантанского дымчатого леопарда и калимантанской циветы. 2
• Уникальные природные условия. 4 Северная часть острова представляет собой низменную местность, прорезанную многочисленными реками и ручьями, между которыми расположены болотистые джунгли. 4 Здесь нет чётко выраженных периодов дождей и сухих периодов, круглый год идут дожди. 4

Однако у Калимантана есть и экологические проблемы, например, высокие темпы обезлесения. 1 Это сопровождается усилением эрозионных процессов, увеличением твёрдого стока и заиливанием рек, ускоренной дегумификацией почв. 1