Остров Хонсю считается важным местом обитания диких животных в Японии, потому что он отличается разнообразием флоры и фауны. 3 Это связано с тем, что на острове расположились несколько различных климатических поясов. 3
Некоторые виды животных, которые обитают на Хонсю: японский серау (эндемик Японских островов), кабаны, гималайский медведь, горностай, японский макак, японская летяга, японская соня, подковоносная летучая мышь, хонсийская ночница. 2 Также через Хонсю проходят миграции лебедей, на полуострове Кии и юго-западе Хонсю отмечаются места гнездования хохлатого старика. 2
Кроме того, на острове зимует множество перелётных птиц: журавли, гуси. 3