Онежское озеро считается одним из наименее минерализованных водоёмов мира, потому что его бассейн сложен труднорастворимыми архейско-протерозойскими породами. 12 Из-за этого минерализация вод притоков и самого озера очень низкая. 1

Химический состав воды Онежского озера формируется в основном маломинерализованными речными водными массами, которые приносят более 90% минеральных веществ. 4 Лишь 10% их общей массы поступает из атмосферы и со сточными водами. 4

Средняя минерализация воды Онежского озера — 36,6 мг/л, что почти вдвое меньше, чем в Ладоге, и втрое меньше, чем в Байкале. 4