Ондатры считаются опасными вредителями экосистем пресных водоёмов по нескольким причинам:

• Уничтожение растительности. 35 Бесконтрольное размножение ондатр может привести к экологической катастрофе: они способны уничтожить всю водную и прибрежную растительность. 2
• Заиливание водоёмов. 1 Озера, заселённые ондатрой, заполняются неиспользованными зверьком частями растений. 1 В результате дно заиливается, водоём мелеет, берега интенсивно заболачиваются. 1
• Вытеснение других видов. 1 Например, на Урале ондатра вытесняет из мест обитания выхухоль, которая занесена в Красную книгу РФ. 1
• Урон для других обитателей водоёмов. 1 Ондатры наносят вред водоплавающим и болотным птицам, многим видам рыб, двустворчатым моллюскам. 1
• Вред для сооружений. 34 Роющая деятельность ондатр разрушает берега рек, влияет на речной сток, что наносит ущерб сельскохозяйственным культурам, ирригационным системам, дорогам, железным дорогам, плотинам и системам защиты от наводнений. 1

Во многих европейских государствах ондатры рассматриваются как животные-вредители и активно уничтожаются. 3