Мадагаскарский нырок (Aythya innotata) находится под угрозой вымирания из-за нескольких факторов: 24

• Введение чужеродных видов рыб в озеро Алаутра в 1940–1950-х годах. 24 Эти рыбы поедали птенцов и даже нападали на взрослых уток. 24
• Расширение площадей посевов риса, увеличение поголовья скота, который пасся на берегу озера. 24 Местное население начало выжигать прибрежную растительность, рыбаки стали ставить сети, в которых гибли утки. 24
• Вырубка лесов, земледелие и рыболовство. 3 В том районе, где проживает малочисленная популяция мадагаскарских нырков, 96% птенцов умирает в возрасте 2–3 недель. 3 Это связано с недостатком питания: птицы кормятся на дне водоёма, а кратерное озеро, в котором они проживают, слишком глубоко для них. 3
• Охота и разрушение болотистых берегов. 5

В результате этих факторов популяция нырков сократилась, и в течение 1990-х годов представителей вида не могли обнаружить. 24