Нижне-Свирский заповедник важен для перелётных птиц, потому что через его территорию проходит Беломоро-Балтийский миграционный путь птиц — один из важнейших в Евразии. 2
Во время миграции птицы останавливаются в заповеднике на отдых и кормёжку. 1 Ежегодно через него пролетают до 5 млн пернатых. 1
Кроме того, территорию заповедника используют как место стоянок перелётных птиц, в том числе занесённых в Красную книгу России. 4
Весной и осенью на мелководьях Свирской губы, на болотах и озёрах, в устье Свири скапливается большое количество перелётных птиц: лебедей, разных видов гусей, куликов и уток. 45