Нижне-Свирский заповедник считается уникальным природным комплексом по нескольким причинам:

• Сохранение нетронутых человеком лесов. 1 «Сердце» заповедника окружено болотами, лесными ручьями и реками, которые непроходимы для тяжёлой техники лесорубов. 1 Именно там можно встретить старовозрастные леса, мало сохранившиеся в регионе. 1
• Восстановившийся после антропогенного воздействия экосистемы. 1 Почти полувековой заповедный режим позволил восстановиться и затронутым человеком экосистемам. 1
• Изолированность территории. 1 Она ограничена рекой Свирь и Ладожским озером. 1
• Богатое биоразнообразие. 34 На территории заповедника обитает 256 видов птиц и 44 вида млекопитающих, представлены различные биотопы южного Приладожья: сосновые и еловые леса, обширные болота, луга. 4 На мелководьях Свирской губы под охраной заповедника обитают ладожские кольчатые нерпы, единственный в Европе вид пресноводных тюленей, внесённый в Красную книгу России. 4
• Уникальный рельеф местности. 1 На побережье Свирской губы сохранился песчаный ландшафт — геологическое свидетельство формирования крупнейшего пресноводного водоёма Европы в его современных границах. 4