Нитрификация может приводить к проблемам в сельском хозяйстве и экологии по следующим причинам:

• Обеднение почвы азотом. 34 Переведение азота из аммонийной формы в нитратную способствует этому, поскольку нитраты легко вымываются из почвы. 34
• Потери ценных для растений соединений. 3 В почве происходят процессы денитрификации, в результате которых окисленные формы азота восстанавливаются в окислы азота или молекулярный азот. 3 Это приводит к существенным потерям из почвы ценных для растений соединений. 3
• Повышение кислотности почвы. 14 Первый этап нитрификации приводит к высвобождению ионов H+, повышающих кислотность почвы. 1
• Выброс закиси азота. 1 На первом этапе нитрификации небольшая часть аммония может быть преобразована в газообразную закись азота (N2O) во время разложения нитрита. 1 Этот процесс важен, поскольку закись азота является мощным парниковым газом. 1