Некоторые причины, по которым водоёмы зарастают растительностью:

• Естественный природный процесс. 1 Скорость зарастания зависит от глубины водоёма. 1
• Активная хозяйственная деятельность. 1 Использование прибрежной полосы и акватории в промышленных целях, сброс сточных вод в водоёмы, развитие водного транспорта способствуют изменению экосистем и появлению излишней водной растительности. 1
• Эвтрофикация. 12 Избыток питательных веществ, таких как фосфаты, в водоёме способствует росту большого количества растений и водорослей. 2 Основные химические элементы, способствующие эвтрофикации, — фосфор и азот: необработанные сточные воды (в особенности из животноводческих комплексов) и смыв удобрений с полей. 1
• Отсутствие мелиорации. 4 В запущенных хозяйствах, где не проводятся регулярно мелиоративные работы, в почве возникают сложные биологические и физико-химические процессы, вызывающие её закисание. 4

Также на зарастание водоёмов может влиять изменение климата, например, повышение температуры, при котором увеличивается трофность водоёма вследствие ускорения круговорота биогенных элементов в водной среде. 1