Некоторые причины исчезновения некоторых видов рыб из Москвы-реки:

• Загрязнение воды. 12 Концентрации тяжёлых металлов и цинка в реке часто превышают допустимые нормы, что негативно сказывается на биоразнообразии. 2
• Гидростроительство. 1 Из-за него реки заиливаются, и у некоторых видов, например ельца, не остаётся песчано-галечниковых перекатов для нереста. 1
• Браконьерство. 35 Например, стерлядь в Москве-реке пропала в начале шестидесятых годов прошлого века, и её численность снизилась из-за незаконного вылова. 3

Также к исчезновению некоторых видов привело заселение других, для которых воды городской черты оказались благоприятными для роста и размножения, так как загрязнение привело к повышению содержания органики, которая служит кормовой базой. 2