Возможно, названия некоторых стран, в том числе Ватикана, совпадают с названиями их столиц из-за особенностей истории формирования государств. 1
Есть несколько вариантов:
Также есть мнение, что в некоторых случаях названия страны и её столицы пишутся по-разному только в определённых языках. 2
Кроме Ватикана, есть и другие страны, названия которых совпадают с названиями столиц: Андорра, Гватемала, Джибути, Люксембург, Монако и другие. 25