Почему некоторые российские города имеют трехзначный код, а другие - четырехзначный?

Возможно, имелись в виду региональные коды городов России. Изначально субъектам РФ присваивали двухзначные коды по алфавитному порядку их названий на русском языке. www.sravni.ru

Однако в некоторых регионах свободные комбинации номеров заканчивались, и приходилось вводить дополнительные коды. en.wikipedia.org www.sravni.ru Обычно это происходило в густонаселённых регионах. en.wikipedia.org Дополнительные трёхзначные коды создавали путём добавления цифр «1», «2», «7» или «9» к существующему региональному коду. en.wikipedia.org

Например, в Санкт-Петербурге, Красноярском крае и Краснодарском крае используют четыре различных кода, а в Пермском крае, Иркутской, Самарской, Ростовской, Челябинской и Свердловской областях, а также в Республиках Татарстан и Башкортостан — три различных кода. www.sravni.ru