Почему некоторые поезда из Москвы во Владивосток следуют по дальневосточному маршруту, а другие - через Сибирь?

Возможно, имелись в виду маршруты поездов по маршруту Москва — Владивосток.

Некоторые из них следуют по Транссибирской магистрали, которая соединяет Москву и Владивосток. 3 Этот маршрут проходит через Казань, Екатеринбург, Новосибирск, Иркутск, Читу, Хабаровск и другие города. 3

Есть и другой вариант — например, поезд №61/62 Москва — Владивосток. 4 Его маршрут пролегает через Владимир, Нижний Новгород, Семёнов и Киров. 4

Таким образом, выбор маршрута зависит от того, какой путь выбран: по Транссибирской магистрали или через другие города.