Некоторые подвиды ряпушки находятся под охраной в Красной книге, потому что численность их популяции снизилась из-за активного вылова в начале прошлого века. 1

Например, переславская ряпушка из Плещеева озера занесена в Красную книгу Российской Федерации. 25 Основные причины резкого снижения её численности — изменения экологической ситуации в экосистеме, водоотведение и изменение водного баланса и проточности водоёма. 2

Также в охране нуждаются крупные формы ряпушки, такие как рипус и килец. 2

Кроме того, ряпушке вредит колюшка, которая питается её молодью и икрой. 2