Некоторые подмосковные озёра считаются особо охраняемыми природными зонами (ООПТ) из-за уникальности экосистем и биоразнообразия. 2

Например, озера Имлес и Дубовое в городском округе Шатура играют важную роль в сохранении водных и водно-болотных видов восточного Подмосковья. 2 Здесь выявлены местообитания свыше 90 видов позвоночных животных. 2

Озеро Киево и его котловина в Лобне — памятник природы комплексного профиля. 1 При создании особой зоны занимались охраной озёрных чаек, которые оказались под угрозой из-за закрытия свалки неподалёку. 1

Озёра Нерское, Долгое, Круглое и их ближайшее окружение объединены в памятник природы. 1 Озёра имеют ледниковое происхождение, их окружают болотистые котловины. 1 Уникальные экосистемы включают в себя более 30 редких видов флоры и фауны. 1

Озеро Глубокое в городском округе Истра — государственный природный заказник областного значения. 3 Водный объект представляет собой водоём мезотрофного типа ледникового происхождения, является одним из самых глубоких озёр Московской области (глубина — 32 м) и признаётся эталонным объектом. 3