Почему некоторые африканские страны имеют коды, не соответствующие их географическому расположению?

Возможно, имелись в виду коды некоторых пограничных Южно-Африканской Республике государств: ru.wikipedia.org

• Намибия — ISO 3166-2:NA (на севере); ru.wikipedia.org
• Ботсвана — ISO 3166-2:BW (на севере); ru.wikipedia.org
• Зимбабве — ISO 3166-2:ZW (на севере); ru.wikipedia.org
• Мозамбик — ISO 3166-2:MZ (на северо-востоке); ru.wikipedia.org
• Свазиленд — ISO 3166-2:SZ (на северо-востоке); ru.wikipedia.org
• Лесото — ISO 3166-2:LS (на севере, на востоке, на юге, на западе). ru.wikipedia.org

Такое разделение связано с тем, что в большинстве своём страны Африки были колониями европейских держав, и при разделе континента использовался принцип разделения границ «по сетке» параллелей и меридианов. yandex.ru

После получения независимости колонии сохранили установленные ранее границы. yandex.ru