Нагорье Ахаггар считается колыбелью современной пустыни Сахара, потому что его климат резко континентальный и создаёт особую климатическую зону. 4

В Ахаггаре преимущественно очень сухая тропическая пустыня, до высоты 1700 метров — опустыненная саванна, выше — травянистая растительность. 4 Это приводит к появлению видов животных и растений, нехарактерных для остальной Сахары. 4

Кроме того, в пещерах центральносахарских массивов, к которым относится и Ахаггар, обнаружены наскальные рисунки с изображением растений и животных, ныне отсутствующих в Сахаре, сцен охоты и т. д.. 3 Они свидетельствуют о том, что в недалёком геологическом прошлом климат Сахары был более влажным, чем в настоящее время. 3