Национальный парк «Паанаярви» считается важным природным заповедником по нескольким причинам:

• Уникальное биоразнообразие. 13 На территории парка обитают 42 вида млекопитающих, 173 вида птиц, 1 вид пресмыкающихся, 1 вид земноводных и 19 видов рыб. 1 Флора парка насчитывает 624 вида сосудистых растений, 329 видов мхов, 457 видов лишайников и 172 вида грибов. 1 238 представителей биоразнообразия занесены в Красные Книги Карелии и России. 3
• Место обитания генетически чистого стада кумжи. 12 Этот вид рыбы из семейства лососёвых размножается здесь в естественных условиях на протяжении тысячелетий. 2
• Резерватом жизнеспособной популяции выдры. 1 Парк является важным местом для этого вида, почти полностью исчезнувшего в Карелии. 1
• Одно из центральных биогеографических русел. 1 По нему в послеледниковый период виды распространялись с юга на север. 1 Без статуса охраняемой территории это русло оказалось бы под угрозой перекрытия. 1