Регулярные весенние паводки на реке Яне происходят из-за таяния снега на равнинах. 1 Это вызывает весеннее половодье, которое характеризуется наибольшей водностью, высоким и продолжительным подъёмом уровня воды. 1

Также на водный режим реки влияют летне-осенние паводки, которые имеют высокую долю в общем годовом стоке и зачастую формируют максимальные суточные расходы воды. 3 Они могут формироваться как весенним половодьем с участием ледовых заторов, так и летними паводками. 3

Кроме того, источником дополнительной воды на водосборе может быть деградация ледников и снежников, которые имеют ограниченное распространение в горном водосборе Яны. 3