Чистая пресная вода в озере Зюраткуль обусловлена высоким водообменом. 2 Избыточное увлажнение и большой водосбор способствуют этому процессу, который определяет устойчивость режима и низкую минерализацию воды (около 60 мг/л). 2

При этом вода имеет коричневатый цвет, потому что реки, питающие Зюраткуль, берут начало в болотах и приносят в озеро насыщенную органическими веществами воду. 1

Также на цвет и прозрачность воды влияют илистые отложения на дне озера. 3

Вода в Зюраткуле успевает обновляться достаточно быстро — всего за год. 3 При этом она используется для питьевого водоснабжения города Сатки. 2

По химическому составу вода гидрокарбонатно-сульфатно-кальциевая и отличается повышенной щёлочностью. 2