Лагуны на коралловых островах образуются в результате медленных тектонических движений земной коры. 2 Если середина острова тектонически нестабильна, а периферийные части, наоборот, стабильны, то в результате медленных тектонических движений середина острова погружается в океан, а на стабильных мелководных участках растут кораллы. 2 В итоге образуется лагуна, окаймлённая коралловыми рифами — атолл. 2

Также существует гипотеза, согласно которой лагуна появляется в результате растворения извести под действием дождевой воды. 1

Кроме того, волны и животные, питающиеся полипами (губки, рыбы-попугаи, морские ежи), разрушают известковую структуру рифа, которая осаждается вокруг рифа и на дне лагуны в виде песка. 3