Почему на карте Вологодской области можно увидеть два разных населенных пункта с названием Шексна?

Возможно, имелся в виду посёлок Шексна, который является административным центром Шекснинского района Вологодской области. ru.ruwiki.ru en.wikipedia.org

Изначально поселение упоминалось в XV веке под названием Усть-Угла, по реке Угла (Югла). ru.wikipedia.org В XVI веке в писцовых книгах указано как село Никольское. ru.wikipedia.org В XIX веке в некоторых источниках употребляется первоначальное название, но в изменённом виде —  село Усть-Угольское. ru.wikipedia.org

Современное название Шексна посёлок получил в 1954 году, когда в связи с развитием промышленного и жилищного строительства село Никольское было переименовано в рабочий посёлок городского типа по названию одноимённой реки. ru.wikipedia.org ru.ruwiki.ru