MP3-формат считается небезопасным для распространения из-за возможного наличия вирусов в таких файлах. 2 В них может быть заложен код, который будет выполняться определёнными обработчиками. 2

Кроме того, копирование MP3-файлов с компакт-дисков может считаться нарушением авторских прав. 1 По позиции RIAA, это не подпадает под действие правил добросовестного использования и, следовательно, является незаконным. 1

Чтобы обезопасить себя от вирусов, рекомендуется проверять файлы антивирусом и открывать их в соответствующем приложении. 25

Также стоит учитывать, что при многократном прослушивании MP3-файлы могут постепенно «запиливаться» и терять качество звука. 4 При этом могут выпадать как отдельные ноты, так и целые такты. 4