Могильное озеро называют миниатюрной моделью Чёрного моря из-за сходства в гидрологических параметрах. 13

В озере можно выделить пять пластов воды, которые из-за разной плотности не смешиваются друг с другом. 35 Это создаёт эффект многослойного коктейля. 35

Некоторые особенности слоёв:

• Поверхностная зона (примерно до 5–6 метров) — опреснённая вода (до 3 ‰). 1
• Средняя зона (от 5–6 до 11–13 метров) — солёность резко увеличивается и доходит до 22 ‰ — примерно, как в Чёрном море, но ниже, чем в Мировом океане. 1
• Нижняя зона у дна — эталонная морская вода (33%). 1

Кроме того, Могильное озеро имеет подземную связь с морем, подобно морским пещерам. 35