Большинство животных, обитающих в пустыне Гоби, относятся к исчезающим видам из-за постоянной охоты на них. 4
Кроме того, в районе пустыни, после прекращения ядерных испытаний, появилась угроза истребления животных, связанная с деятельностью подпольных золотоискателей, которые устанавливали самодельные мины около солёных источников и охотились на верблюдов в поисках пропитания. 1
Для охраны фауны пустыни создан Большой Гобийский заповедник, где обитают такие редкие животные, как гобийский медведь, джейран, дикий верблюд бактриан, кулан, сибирский козерог, дрофа-красотка. 4