Многие простейшие жгутиковые служат индикаторами загрязнённости водоёмов, потому что разным представителям этих организмов требуются различные условия среды для комфортного существования. 1

Некоторые виды обитают в чистой, хорошо аэрированной воде. 1 Другие приспособлены к жизни в водоёмах средней загрязнённости. 1 Есть и такие простейшие, которые могут жить в очень загрязнённых, сточных водах. 4

Таким образом, по видовому разнообразию протистофауны водоёма можно сделать вывод о степени его загрязнённости. 1

Кроме того, простейшие обладают высокой чувствительностью к химическому составу воды, что делает их ценным показателем органического загрязнения. 5

Однако стоит отметить, что большинство видов жгутиковых характеризуется широкой сапробной валентностью, что снижает их индикаторные качества по сравнению с инфузориями. 5